De Japanse turnbond zou de 19-jarige aanvoerster van het nationale turnteam naar huis hebben gestuurd wegens het overtreden van de gedragsregels, aldus de berichtgeving.
Het is in Japan verboden te roken onder de 20 jaar.
Miyata, een medaillekandidaat, zou naar verluidt het trainingskamp in Monaco al hebben verlaten. Haar deelname aan de Spelen zou nog "onduidelijk" zijn, volgens de berichten.
Er is een persconferentie aangekondigd voor vrijdag.
Brons op WK
Afgelopen woesndag miste Miyata al een training. Volgens de bond was dat "om bepaalde redenen".
Miyata won tijdens het WK in 2022 in Liverpool brons op de evenwichtsbalk
Tijdens de nationale kampioenschappen pakte ze eerder dit jaar de titel op de meerkamp.
UPDATE 8.33 uur
De turnbond heeft inmiddels gereageerd op het voorval. "Met haar toestemmen en na verschillende kanten te hebben gehoord, is besloten dat zij (Miyata, red.) zich zal terugtrekken van de Olympische Spelen," vertelde Kenji Nishimura, secretaris-generaal van de bond, aan verslaggevers in Tokio.
Miyata zou tussen eind juni en begin juli betrapt zijn op roken. Daarnaast zou ze op het trainingscentrum van de Japanse tirnploeg alcohol hebben geconsumeerd. Ook drinken is in Japan verboden onder de 20 jaar.
"Lid zijn van het Japanse nationale turnteam is een positie waarbij er voortdurend hoge eisen aan je worden gesteld," zei bondsvoorzitter Tadashi Fujita.
Volgens Fujita is Miyata inmiddels al weer in Japan en zal de bond haar van steun voorzien.