Na een minuut of 20 zette Dayot Upamecano Bayern op voorsprong. De Franse verdediger kopte raak na een hoekschop van Joshua Kimmich.
Heel veel tijd had Freiburg niet nodig om gelijk te komen. Nicolas Höfler scoorde met een fraai schot van afstand, waar hij de gelegenheid voor kreeg na onzorgvuldig uitverdedigen van de thuisclub.
De Ligt
Flekken stond enigszins verrassend in het doel bij Freiburg. De Nederlandse international is weliswaar normaal gesproken altijd de eerste keus, maar in de voorgaande bekerrondes kreeg jeugdkeeper Noah Atubolu de kans om ervaring op te doen.
Bij Bayern speelde Matthijs de Ligt van het begin. Daley Blind en Ryan Gravenberch kregen geen speelminuten van de nieuwe trainer Thomas Tuchel.
Eerder op de avond plaatste Eintracht Frankfurt zich voor de halve finales door 1. FC Union Berlin te verslaan (2-0). Woensdag volgen nog de duels 1. FC Nürnberg - VfB Stuttgart en Leipzig - Borussia Dortmund.