De veteraan begon zijn carrière als jeugdspeler voor Betis en maakte zijn profdebuut in 2000. Na zijn vertrek bij Betis in 2006 bracht hij tijd door bij Valencia, Malaga en Fiorentina voordat hij in 2015 terugkeerde bij de club. Joaquin leidde Betis vorig seizoen naar de Copa del Rey, waarmee een einde kwam aan de 17-jarige droogte van de club. Hun vorige medaille was Joaquin's eerste, de Copa del Rey van 2005. Joaquin won de Spaanse beker in totaal drie keer, ook met Valencia in 2008 mocht hij de Copa omhoog houden.
In een emotionele post op sociale media zei Joaquin dat de tijd gekomen was en dat hij bezig was aan zijn laatste seizoen als speler van Betis: "Maar dit is geen afscheid, het is gewoon 'tot ziens', want ik zal aan jullie zijde blijven, met mijn leven verdedigen, want Real Betis is mijn leven geweest", zei hij.
Met nog negen wedstrijden te gaan in het seizoen, is hij slechts zeven optredens verwijderd van het evenaren van Andoni Zubizarreta's record voor de meeste optredens in LaLiga (622).