Elders verzekerden de Seattle Sounders, Houston Dynamo, New York Red Bulls, New York City, LAFC en Orlando City zich allemaal van een plaats in de play-offs.
Ondanks de tegenslag van een derde gelijkspel op rij blijft Miami, dat al verzekerd is van een plaats in de play-offs, bovenaan staan in de Eastern Conference en het Supporters Shield-klassement.
Charlotte, gecoacht door voormalig Aston Villa-trainer Dean Smith, nam de leiding in de 57e minuut toen een laag schot van Brandt Bronico afketste op Karol Swiderski en de doelman van Miami, Drake Callender, passeerde.
Jordi Alba vond zijn voormalige Barcelona-teamgenoot Messi met een voorzet vanaf links, maar de kopbal van de Argentijn ging recht op doelman Kristijan Kahlina.
De Kroatische doelman redde vervolgens knap een inzet van Messi vanaf de rand van het strafschopgebied.
Even later maakte Messi net buiten het strafschopgebied genoeg ruimte voor een schot en schoot met zijn linkervoet in de benedenhoek voor zijn 15e doelpunt in evenzoveel wedstrijden dit seizoen.
Miami dacht in de 77e minuut een penalty te hebben gekregen toen Diego Gomez neerging na een charge van de Franse verdediger Adilson Malanda van Charlotte en scheidsrechter Ramy Touchan naar de stip wees.
Malanda kreeg een tweede gele kaart, maar hij en zijn team werden gered door de VAR, die oordeelde dat hij de bal had gespeeld.
Diep in de blessuretijd kreeg Miami een grote kans om de drie punten te pakken toen Alba voor het doel kopte, maar Luis Suarez, onder druk van Kahlina, schoot vanaf een meter over de lat.
Miami staat nu op 65 punten met nog drie wedstrijden te gaan, Columbus Crew heeft 57 punten en Cincinnati 56 in het oosten.
Miami kan het Supporters Shield winnen door woensdag in Columbus te winnen of gelijk te spelen en hoofdtrainer Gerardo Martino zei dat de frustratie over nog een gelijkspel in perspectief moet worden gezien.
"We waren jarenlang een team dat altijd verloor en nu zijn we een team dat altijd wint en dat schept verwachtingen", zei hij.
"We hebben heel hard gewerkt om de perceptie van dit team te veranderen, en dat hebben we gedaan door veel verschillende opstellingen te gebruiken vanwege blessures en nationale dienst.
"Ja, we zijn gefrustreerd met drie gelijke spelen op rij... maar het is niet zo dat we geen kansen hadden om te winnen", voegde hij eraan toe.
In de 'Hudson River derby' boekte New York City een 5-1 zege op de New York Red Bulls met twee doelpunten van Alonso Martinez, terwijl de bezoekers met 4-1 voorstonden bij rust.
De overwinning verzekerde NYCFC van een plaats in de play-offs en andere resultaten zorgden ervoor dat de Red Bulls de troost hadden dat ze ook in het naseizoen kwamen.
Orlando City maakt ook kans op de MLS Cup na een indrukwekkende 3-1 zege op FC Dallas en LAFC, dat vorig jaar in de finale werd verslagen door Columbus, verzekerde zich van een plaats in de play-offs met een 2-1 zege op FC Cincinnati.
Door de resultaten in andere wedstrijden waren Seattle en Houston al zeker van hun plaats in het naseizoen nog voor hun wedstrijd op zaterdag.